Согласно ст. 2 Протокола о порядке взимания косвенных налогов при выполнении работ, оказании услуг в Таможенном союзе от 11.12.2009 взимание косвенных налогов при выполнении работ (оказании услуг) производится в государстве - члене Таможенного союза, территория которого признаётся местом реализации работ, услуг. При этом налоговая база, ставки косвенных налогов и порядок их взимания определяются в соответствии с законодательством государства - члена Таможенного союза, территория которого признаётся местом реализации работ (услуг).

На основании положений ст. 3 Протокола местом реализации услуг по перевозке и охране, оказываемых налогоплательщиком государства - члена Таможенного союза, признаётся территория этого государства.

Таким образом, при оказании российскими налогоплательщиками услуг по перевозке и охране товаров, вывозимых с территории РФ на территорию Республики Казахстан, являющейся государством - членом Таможенного союза, железнодорожным транспортом, местом реализации указанных услуг признаётся территория РФ и, соответственно, такие услуги подлежат налогообложению НДС в соответствии с законодательством о налогах и сборах РФ.

Такое разъяснение содержится в Письме Минфина России от 24.05.2011 № 03-07-13/01-18.
"Экономика и жизнь"